上海儿童医学中心是国内首家通过JCI教学医院标准复评审的儿童专科医院，是国家以及上海市首批住院医师规范化培训基地，现有儿科和小儿外科两个专业基地，其中儿科专业基地为国家住院医师规范化培训重点专业基地。医院拥有健全的教学管理体系，2013年设立上海交通大学上海儿童医学中心临床医学院，将院校教育和毕业后医学教育归口于临床医学院，实行大教育管理模式。

医院师资力量雄厚，现有博士生导师37人，硕士生导师38人，住院医师带教老师230人。已有多位教师获得全国优秀住培带教老师、上海市优秀住院医师带教老师、交大医学院杰出带教老师等荣誉称号。